Un examen clinique et radiographique minutieux permettent l'élimination des autres causes de douleur d'origine dentaire (carie, fracture, fêlure, pulpite) ou gingivale.
Les contaminants les plus étudiés sont le cadmium, le déoxynivalénol, l'ochratoxine, la zéaralénone, l'ergot du seigle, le datura stramoine et la carie du blé.
Les tanins, le fluor et les phosphates contenus dans le cacao ont des propriétés anti-carie qui compenseraient l'effet cariant de sa forte teneur en glucides.
Les dents étant minéralisées, elles peuvent se déminéraliser à la suite de la production d'acide par les bactéries buccales : c'est ce qu'on appelle la carie.