Oft bleiben dabei Pseudomyxomzellen zurück, wodurch es zu erneutem Tumorwachstum (Rezidiv) und Nachoperationen unter erschwerten Bedingungen (z. B. durch narbige Verwachsungen) kommt.
Auch die Flussbeschleunigung im Ausflusstrakt sowie die narbigen Veränderungen nach therapeutischer Septumembolisation sind kernspintomographisch gut darstellbar.
Bei narbig-flachen (sklerodermiformen) Basaliomen ist die Rezidivgefahr sehr hoch, für knotige Basaliome wird die Option ebenfalls aufgrund der nur geringen Eindringtiefe nicht empfohlen.